Chlamydia kan leiden tot onvruchtbaarheid als het niet behandeld wordt, maar de tijdlijn voor deze complicatie verschilt van persoon tot persoon. In sommige gevallen kan chlamydia na verloop van tijd schade aan de voortplantingsorganen veroorzaken, wat kan leiden tot aandoeningen zoals pelvic inflammatory disease (PID). PID kan bij vrouwen leiden tot littekenvorming en verstopping van de eileiders, of bij mannen tot epididymitis, wat de vruchtbaarheid kan beïnvloeden.
Het is belangrijk om op te merken dat niet iedereen die chlamydia krijgt te maken krijgt met vruchtbaarheidsproblemen, en een snelle diagnose en behandeling verminderen het risico aanzienlijk.
Wanneer chlamydia onbehandeld blijft, kan dit ook leiden tot een verhoogd risico op buitenbaarmoederlijke zwangerschap, een zwangerschap waarbij de bevruchte eicel buiten de baarmoeder geïmplanteerd raakt. De zwangerschap kan niet normaal verlopen en zonder behandeling kan een buitenbaarmoederlijke zwangerschap fataal zijn als er niet onmiddellijk medische hulp wordt ingeroepen. Een buitenbaarmoederlijke zwangerschap is dus een medisch spoedgeval.